古津駅は昭和18(1943)年に信号場として開設されたところで、駅昇格は戦後の昭和24(1949)年になります。駅ホームは相対式の2面2線で昭和45(1970)年に早々と無人化しています。無人化後の昭和54(1979)年3月に簡易な鉄筋コンクリート造の駅舎に建て替えられています。
駅開業時は中蒲原郡金津村(かなづむら)という住所でした。金津村は昭和30(1955)年4月1日に新津市に編入されました。新津市は現在、新潟市へと変わっています。
昭和45(1970)年10月1日無人化。