南三原駅の駅舎は平成15(2003)年に新築された太陽光発電を採り入れた近代建築で、この辺りの駅舎では特異なものとなっています。駅ホームは相対式の2面2線の構造をしています。
開業時の駅所在地、安房郡南三原村(みなみみはらむら)は昭和31(1956)年9月1日に和田町に編入されています。和田町は平成18(2006)年南房総市へと変わっています。
民営化後も硬入あり。