土底浜駅は戦後に開業した割とあたらしめの駅で、相対式ホームの2面2線を備えた無人駅です。それぞれのホームに独立した入り口があり、下り(新潟)方面は入り口部分に(写真)、上りホームはホーム中ほどにそれぞれ待合室が設置されています。駅周辺は住宅街ですが、駅利用客はそれほど多くはありません。
駅開業時は中頸城郡大潟町。現在は上越市に変わっています。
開業以来無人駅。入場券はありません。