南高田駅は昭和36(1961)年と比較的新しく開業した駅で、周囲は高田の市街地に幾分近付いてきており、住宅も多く見られます。駅の周囲に高等学校が数校あり、そちらへの需要もある駅です。駅はホーム1本、線路1本の行き違い不可の構造をしており、開業時より無人駅です。
駅開業時は高田市の駅でした。現在は上越市の所属に変わっています。
開業以来無人駅。入場券はありません。