南豊科駅は大糸線の前身、信濃鉄道が開通してから約11年後に開業しています。駅の最寄りに豊科高校、安曇野農業高校の2つの高校があり、駅はこの高校の開校に合わせて作られています。現在でも利用客は高校生が中心で、朝は賑わいを見せます。
上下兼用のホーム1本のみの駅です。道路沿いに駅舎が建っており、駅前広場などはありません。また、ホームへは駅舎内を通らなくても、道路からそのままアクセスすることも可能です。
開業時の住所は南安曇郡豊科町。現在は安曇野市の所属に変わっています。
民営化後も硬入あり。