海尻駅はホーム1本の無人駅。校倉造りの小さな待合室がホーム上にあります。南牧村は八ヶ岳の麓に広がる面積の大きな村で、この駅までがその範囲となっています。駅は千曲川を挟んで佐久甲州街道の反対側に位置しています。
この駅の標高は1,035m。甲斐小泉駅から1,000mを越える位置を走ってきた小海線ですが、それもこの駅までで、駅から北へ1Kmほど行った小海町との境界付近で標高1,000mを割り込んできます。
開業以来無人駅。入場券はありません。