駅名は目黒ですが所在地は目黒区ではなく品川区です。目黒区との境界は近いですが、駅のホームのどこも目黒区にはかかっていません。目黒区役所も遠いです。目黒区内にはJRの駅は存在しませんが、山手線の目黒~恵比寿間の一部の線路(約500m)が目黒区内にあります。
駅東に広大な敷地の国立自然教育園があります。緑豊かな敷地の中に様々な動植物が生存しています。ここに隣接して東京都庭園美術館もあります。
地名の由来ともなっている目黒不動尊は1Km。徒歩15分程で行く事が出来ます。
昭和57(1982)年5月18日軟券化。