北堀之内駅は魚沼市最後の駅になります。市域の広い魚沼市ですが、上越線の駅はわずか3駅を数えるのみです。駅の位置としては南北に長い魚沼市の西端に当たります。
駅ホームは相対式の2面2線で昭和40年代に無人駅になっています。もともとは昭和19(1934)年9月20日に越後下島(えちごしもしま)信号場として開設され、駅に昇格したのは昭和25年になります。昇格時に名称を北堀之内に改めています。
駅開業時は北魚沼郡堀之内町。現在は魚沼市の所属に変わっています。
昭和45(1970)年12月25日無人化。