駅名の自治医科大学への通学の便宜を図るため、昭和58(1983)年に開業した東北本線内では比較的新しく出来た駅です。同大学へは徒歩5分ほどで行くことが出来ます。下り電車に乗ると、駅を出てすぐ右手に大学の敷地が広がっています。
ホームは島式の1面2線の単純な構造です。この駅も高架を走る新幹線とはとなりあわせ。出口は写真の東口のほかに、高架の新幹線をくぐり抜けたところにある、西口も存在します。
硬入はありません。