下菅谷駅は相対式のホーム2面2線の構造を持っています。木造の立派な駅舎があり、委託により切符の販売が行われています。
この下菅谷より下り方へは、菅谷の付く駅名が続きます。しかも方位ではなく、上中下という接頭語が付いている並びは珍しいです。恐らくJRではここと芸備線の2線にしか存在しないと思います。
昭和58(1983)年6月1日無人化。線内のいくつかの駅がこの日に同時に無人化していますが、この日より水郡線のCTC化が実施されています。